2000年5月8日，廈門大學在深圳注冊成立具有獨立法人資質的事業機構“廈門大學深圳研究院”(簡稱廈大深研院)。自成立以來，深研院一直秉承廈門大學“自強不息，止于至善”的校訓，堅持“立足深圳、服務全球”的理念，圍繞“創建具有國際影響力的產學研服務機構”這一發展目標，不斷完善人才培養體系，強化科技研發和科研成果轉化，逐步構建“以問題為導向、以需求為導向、以目標為導向，企業為主體，人才為核心，政、產、學、研、資、用相結合”的科教服務體系。業務范圍涵蓋科技研發、校友服務、產業孵化等，通過與地方政府簽署市校戰略合作協議，展開學術論壇，實現多層次交流與合作。先后成立了“近海海洋環境國家重點實驗室深圳研發中心”、“濱海濕地生態系統教育部重點實驗室深圳研發中心”等多個專業咨詢及服務機構。
作為廈門大學在深圳的文化窗口、粵港澳大灣區校友溝通聯系的橋梁、學校加強產學研結合、推進科技成果轉化的試驗田。歷經二十余年發展，研究院建立了較為完善的教育、科研服務、校友服務和產業孵化器體系，并連續五年被深圳市評為“優秀研究院”。
廈門大學深圳研究院將牢牢把握住粵港澳大灣區和中國特色社會主義先行示范區“雙區驅動”的建設機遇，在改革開放的熱土上孜孜探索體制機制創新，不斷沖擊國際科學前沿，前瞻布局戰略性新興產業，不斷多方位促進科教融合和創新發展。
